Храм находится в Марьиной роще. Первый из святых покровителей здешних мест  — св. мученик Трифон, во времена Царя Иоанна III явившийся в Марьиной роще сокольничему Трифону и возвративший ему пропавшего царского сокола. В те времена здесь находилась слобода Напрудная, были пруды и лес, где происходила царская охота на водоплавающую птицу. Храм св.мч.Трифона в Напрудном, построенный сокольничим Трифоном в благодарность за чудесное избавление от гнева царя, находится в километре от Лазаревского кладбища.

В 1750 г. по повелению Императрицы Елисаветы Петровны было устроено Лазаревское кладбище, как первое городское кладбище, в отличие от погостов — кладбищ приходских, которые невозможно было более расширять. Место было выбрано за городской чертой, там, где и прежде хоронили нищих и безродных людей. Память об этом сохранилась и в названии одной из улиц Марьиной рощи – Божедомки. Для поминовения умерших на кладбище был возведен деревянный храм в честь Воскресения прав. Лазаря Четверодневного, откуда и кладбище получило свое название. (Свящ. Владимир Остроухов. Московское Лазарево кладбище., М., 1893 г.)

В восьмидесятых годах XVIII в. в Москве бушевала эпидемия чумы. В это страшное время был создан благотворительный комитет помощи больным — «Предохранительная комиссия», которую возглавил благочестивый купец Лука Иванович Долгов, известный благотворитель и нищелюбец. Несмотря на смертельную опасность, благочестивые москвичи самоотверженно служили страждущим, снабжали их пищей и одеждой, заботились об умерших. Эти труды Луки Ив. Долгова были признаны достойными и земной награды. Именным повелением Императрицы он был пожалован дворянским званием титулярного советника «за заслуги перед Отечеством».

Господь же сохранил Луку Ивановича и его семейство от страшной болезни, и в благодарность за это он пожелал построить на Лазаревском кладбище новый каменный трехпрестольный храм, вместо уже обветшавшего деревянного. Работы начались в 1782 году, но вскоре Лука Иванович скончался, и строительство продолжила его благочестивая супруга Сусанна Филипповна. Это был уже не первый храм, созидавшийся на средства Долговых – известных храмоздателей.

Первоначальный проект храма принадлежал архитектору В.И.Баженову, окончательный же был разработан Е.С.Назаровым (они оба приходились Луке Ивановичу зятьями), о чем говорила памятная мраморная доска, помещавшаяся на одной из колонн. Знаменитый русский архитектор Елезвой Назаров спроектировал не только сам храм, но и целый комплекс Лазаревского кладбища. В этот архитектурный ансамбль входило пять зданий и каменная ограда кладбища. В настоящее время из зданий сохранилось только одно – бывшая богадельня, остальное разрушено безбожниками-коммунистами.

Храм был построен по архитектурному типу «корабля»: круглая ротонда, с короткой трапезной частью (в начале ХХ века трапезная часть была удлинена), с двумя колоколенками, венчающими западный фасад, окна стилизованы под иллюминаторы. Строительство было окончено в 1787 г., главный придел освящен в честь Сошествия Святаго Духа на апостолов, правый придел — во имя св. ап. Луки, небесного покровителя Луки Ивановича, левый — во имя св. прав. Лазаря Четверодневного, в память о первом деревянном храме, который был разобран (теперь на его месте футбольное поле). Лука Иванович и Сусанна Филипповна, не дожившие до окончания строительства, были погребены под полом храма, за правым и левым клиросами.

Фрески ротонды и первые иконы были написаны известными итальянскими мастерами Клаудио и Скотти. В том же распространенном в то время стиле храмового убранства, было сделано много лепных украшений, которые впоследствии при разорении храма были полностью уничтожены. Трапезную часть расписывали неизвестные живописцы. По завещанию Луки Ивановича, в одном из зданий при храме была устроена «богадельня на пятьдесят лиц женского пола духовного сословия». В это время старостой храма был сын храмоздателей Николай Лукич Долгов, который впоследствии был также погребен при храме – под алтарем. Первоначально в богадельне проводили строгое, подобное монашескому жительство: не вкушали мяса, много трудились. Богадельня имела свой устав, который утверждал сам свт.Филарет, митр.Московский, уделявший большое внимание уставам монашеских братств г.Москвы.

В храме находилась родовая святыня Долговых – крест-мощевик с 50-ю частицами мощей. Имелось более двухсот икон в дорогих золотых и серебряных ризах. В войну 1812 года храм и святыни не пострадали; французы до него не дошли. Однако и крест, и иконы бесследно исчезли в годы коммунистических гонений.

В конце XIX века в храме настоятельствовал священник Никита Никитич Скворцов, замечательный пастырь-подвижник, просветитель раскольников-старообрядцев, хорошо известный святителю Филарету Московскому и уважаемый им. В храме на Лазаревском кладбище он прослужил долго, отметив здесь пятидесятилетие своего священнического служения, являясь одновременно попечителем богадельни и ведя активную деятельность по благоустройству кладбища.

Настоятели храма на Лазаревском кладбище несли подвижнические труды. По статистике, в день на кладбище совершалось до 7 погребений почивших христиан. Первоначально приход был двухшатным: не было даже диакона, только священник и псаломщик. Помимо богослужения, треб, проповеди слова Божия, настоятелю самому приходилось вести бухгалтерские и другие хозяйственные дела. (Свящ.Владимир Остроухов. Московское Лазарево кладбище., М., 1893 г.) И хотя к ХХ веку число клириков храма, согласно документам, достигало 5 – 6 человек, храм, будучи кладбищенским и не имея постоянного прихода, был и остался очень небогатым.

Лазаревскому кладбищу принадлежало 22 гектара земли, из которой ныне к храму относится лишь очень незначительная самая древняя часть кладбища. В 1903 – 1904 гг. трапезная часть храма (включая приделы) была увеличена по проекту арх. Воскресенского, и колоколенки, венчавшие западный фасад, были в том же виде перемещены.

В 1914 – 1917 гг. в храме на Лазаревском кладбище настоятельствовал другой священник Скворцов (однофамилец о. Никиты) — Николай Алексеевич (1861-1917), замечательный пастырь, глубоко почитаемый и любимый всеми прихожанами за свое благочестие. Прекрасный проповедник, оставшийся у всех в памяти как чрезвычайно чистый и добрый человек. Кроме академического духовного образования, о.Николай окончил Археологический институт. Кандидат богословия, преподаватель на кафедре истории и топографии, председатель Церковно-археологического отдела Общества любителей духовного просвещения, знаток церковной старины, автор многих уникальных работ по церковной археологии и капитального труда по археологии и топографии Москвы. Его труды ныне хранятся в фондах Российской Государственной библиотеки, некоторые из них, а также список работ размещены на сайте РГБ.

В июне 1917 года отец Николай собирал средства для устройства детского приюта. Видимо, узнав об этом, в ночь с 14 на 15 июня(ст.ст.) в дом к о.Николаю на Лазаревском кладбище ворвались грабители. Как раз накануне батюшка успел сдать деньги в банк. Услышав шум, о.Николай вышел, пытаясь увещать бандитов, но был зарублен топором. На шум выбежала матушка Евгения, и ее тоже ударили топором в голову. В доме находились взрослые дочери и маленькая внучка о. Николая. Проснувшись и поняв, что в доме грабители, старшая дочь Лидия стала стрелять в них из револьвера. Один из злодеев стал также стрелять, но пули почему-то летели не вперед, а падали на пол (Воспоминания мужа Лидии Захара Мацкова. Рукопись). По другим данным, бандиты намеренно разыскали в доме и убили священника и его супругу. Сестры закрылись в спальне, но злодеи попытались ворваться и туда. Тогда женщины открыли форточку и стали стрелять вверх, после чего, испугавшись, воры скрылись.

Во многих мемуарах того времени упоминается об этих трагических событиях. Рассказывают, что большая толпа возмущенного народа целый день разыскивала бандитов в Марьиной роще, и если бы догнала, очевидно, совершился бы самосуд. Позже убийцы были арестованы, судимы уже после октябрьской революции, и после неудачной попытки бежать расстреляны. (Источники: База данных Новомучеников и исповедников Российских ПСТГУ. Записки москвича. Рукописные воспоминания Лидии Скворцовой.)

Отец Николай и матушка Евгения после торжественного отпевания, совершенного епископом Иоасафом, оплакиваемые всей епархией, были погребены возле южной стены храма, недалеко от паперти. После закрытия кладбища их честные останки были перенесены на Ваганьковское кладбище, где доныне сохранилась их могила. Есть свидетельства очевидцев, что оба тела при переносе оказались нетленными.

О духовном облике матушки Евгении известно мало, но знаменательным является факт, что она была дочерью священика Михаила Пятикрестовского. Все три ее брата в годы гонений были репрессированы; один из них – священник Константин Пятикрестовский ныне прославлен в лике Новомучеников Российских.

Трагическая смерть известного московского священника и его супруги стала предвестником грядущих кровавых гонений на Церковь.